L'autonomia didattica e organizzativa e la personalità giuridica sono state riconosciute all'Istituto Comprensivo Statale 12 dal Decreto Provveditoriale prot. n. 298/A22 del 21/02/2000. La denominazione riportata nel provvedimento è Istituto Comprensivo di via Bartolini, 2. In seguito la denominazione è stata modificata in Istituto Comprensivo n. 12. All'atto dell'istituzione all'Istituto sono state assegnate la scuola materna Padre O. Marella, le scuole elementari A. Viscardi e Padre O. Marella e la scuola media L.C. Farini. Successivamente è stata istituita anche la scuola materna A. Viscardi.
In seguito all'entrata in vigore della Legge 28 marzo 2003, n. 53, le scuole sono state ridenominate: scuola dell'infanzia A. Viscardi, scuola dell'infanzia Padre O. Marella, scuola primaria A. Viscardi, scuola primaria Padre O. Marella, scuola secondaria di primo grado L.C. Farini.
L’Istituto Comprensivo Statale 12 è scuola polo per la formazione per l’ambito ER001 ed è scuola capofila della Rete nazionale di scuole pubbliche all’aperto.